Указал режим дисплея RGBA:

Glut.glutInitDisplayMode(Glut.GLUT_RGBA | Glut.GLUT_DOUBLE | Glut.GLUT_DEPTH);

Далее пишу:

Gl.glLineWidth(10);
Gl.glColor4f(1, 0, 0, 0.1f);
Gl.glBegin(Gl.GL_LINE_STRIP);
Gl.glVertex2d(lineX, 0);
Gl.glVertex2d(lineX, lineY - 0.5);
Gl.glEnd();
Gl.glBegin(Gl.GL_LINE_STRIP);
Gl.glVertex2d(0, lineY);
Gl.glVertex2d(lineX - 0.5, lineY);
Gl.glEnd();
Gl.glLineWidth(1);

В релузьтате все рисуется, но без альфа-канала((